Akumulacija Grlište izložena je procesu zagađenja koji se može usporiti smanjenjem unosa organskih materija, navodi se u Izveštaju o stanju životne sredine na području grada Zaječara, usvojenom danas na sednici Skupštine Grada Zaječara.
Glavni izvor zagađenja su neregulisane otpadne vode i čvrst otpad, okolno poljoprivredno zemljište čijim se spiranjem unosi dodatno zagađenje, riblovci koji bacaju u vodu velike količine hrane za ribe i različiti objekti bespravno izgrađeni i postavljeni na samoj obali i na vodi.
Imajući u vidu da je namena akumulacije vodosnabdevanje usvojene su i mere zaštite, kao što je rešavanje problema otpadnih voda i čvrstog otpada iz seoskih naselja koja se nalaze u zonama Sanitarne zaštite Akumulacije Grllište i njenih pritoka izgradnjom nepropusnih septičkih i đubrišnih jama i organizovanim izvoženjem komunalnog otpada, neškodljivo uklanjanje životinjskih leševa, podizanje šumskog pojasa, plansko poribljavanje, punjenje Akumulacije do projektovane kote, kao i uklanjanje bespavno izgrađenih i postavljenih objekata u zonama sanitarne zaštite i kontinuiran inspekcijski nadzor u cilju sprečavanja dalje izgradnje i postavljanja objekata.